Anders als im nationalen Recht kann die Gemeinschaftsmarke nur durch Eintragung erworben werden (Art. 6 GMVO). Die Anmeldung kann entweder beim Harmonisierungsamt für den Binnenmarkt in Alicante (Art. 25 Abs.1 lit. a GMVO) oder beim deutschen Patent- und Markenamt in München eingereicht werden (Art. 25 Abs.1 lit. b GMVO i.V.m. § 125a MarkenG). In letzterem Fall wird die Anmeldung vom DPMA ohne Prüfung unverzüglich an das HABM weitergeleitet. Zu beachten ist vor allem auch, dass im Unterschied zum deutschen Markenrecht ein prioritätswahrender Anmeldetag nur zuerkannt wird, wenn einerseits die Anmeldeunterlagen mit den erforderlichen Angaben eingereicht werden und zusätzlich innerhalb eines Monats nach Einreichung die Anmeldegebühr gezahlt wird (Art. 27 GMVO).
Einer Eintragung können absolute und relative Eintragungshindernisse entgegenstehen (vgl. Art. 7 und 8 GMVO). Die absoluten Eintragungshindernisse werden dabei von Amts wegen geprüft (Art. 38 GMVO), während relative Eintragungshindernisse nur im Wege eines Widerspruchs innerhalb einer Frist von drei Monaten nach Veröffentlichung der Anmeldung geltend gemacht werden können.
Gem. Art. 39 Abs.1 GMVO erstellt das HABM aber einen Gemeinschaftsrecherchenbericht, in dem diejenigen ermittelten älteren Gemeinschaftsmarken oder Anmeldungen von Gemeinschaftsmarken aufgeführt werden, die gemäß Art.8 GMVO (relative Eintragungshindernisse) gegen die Eintragung der angemeldeten Gemeinschaftsmarke geltend gemacht werden können. Dieser Recherchenbericht wird sowohl dem Anmelder als auch den Inhabern älterer Gemeinschaftsmarken oder Anmeldungen von Gemeinschaftsmarken übersandt. Ein Monat nach Übermittlung des Rechercheberichts wird sodann die Anmeldung veröffentlicht, soweit die formalen Anmeldeerfordernisse erfüllt sind und keine absoluten Eintragungshindernisse gegeben sind (Art. 40 GMVO). Die Eintragungshindernisse stimmen weitestgehend mit denen im nationalen Recht überein (s.o.). Zu beachten ist, dass es ausreicht, wenn ein absolutes Schutzhindernis lediglich in einem Teil der Gemeinschaft vorliegt (vgl. Art. 7 Abs.2 GMVO). Wird die Anmeldung zurückgewiesen, gilt sie als zurückgenommen oder wird sie zurückgenommen, so kann der Anmelder oder Inhaber einer Gemeinschaftsmarke beantragen, dass seine Anmeldung oder seine Gemeinschaftsmarke in eine Anmeldung für eine nationale Marke umgewandelt wird (Art. 108 GMVO).